返信ありがとうございます。
なるほど、Peggyさんは真逆の印象を受けられますか！
私がこれらの表現を習ったときの例文では、Bien queだけ皮肉を言ってる印象を受けたので、きっとわざとそうしたのかなと勝手に思っていました。
確か　Bien qu’elle soit en retard, elle ne se dépêche pas.　って文だったと思います。
勉強になりました、ありがとうございます。

ペンギンリスペクトさん、コメントありがとうございます。
なるほど、面白いですね。個人的には真逆の印象を受けます。
何となくですが、「Bien que」の場合は事実を述べているだけ、「Alors que」は残念そうな感情が入っていて、「Malgré」はその中間あたりの感じです。

おそらく一個人の印象なので、理屈付が難しいですが、一つだけ述べるとすれば「Alors que」は話し言葉に使われることが多く、「Bien que」は主に筆記に使われるからだと思います。
私は長らくフランスで「Alors que…」「Alors que…」を文句を言ってくる人を聞いてきましたが、「Bien que」の場合はフォーマルな筆記文章でしか見たことがないため、感情が伏せられていることが多いイメージです。